故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……...

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──　　在激战的彼端，等待着他的是……...

在江湖上一直流传着关于艾丽塔（朴璐美 配音）的传说，在传说中，她是最凶狠，最残暴的赏金猎手，任何落入她手中的猎物，只有乖乖等死这一种选择。而在一次营救行动中，艾丽塔遇见了落难的弗兰多国公主珐莉斯（小清水亚美 配音），被怪物追击的两人意外掉下了悬崖，而当她们再次睁开眼时，自己的脸庞映入了两人的眼帘。就这样莫名其妙的交换了身体的两人会担负怎样的命运呢？　　受珐莉斯所托，艾丽塔决定帮助她完成复国的愿...

小泽晴香（藤村歩）是一个个性独立坚强的少女，可是外表开朗的她却隐藏了一段不为人知的悲惨过去，终日被愧疚之情困扰的她，在某一天敲开了改变她命运的大门。在电影研究会中，晴香遇见了谜一般的男子齐藤八云（小野大辅 配音），黑发赤眼的他便是传说中左眼能够看到死灵的灵能力者。在八云的帮助下，一直以来为了姐姐的死而自责的晴香被治愈了，同时，八云古怪的作风和善良的内心也渐渐吸引了她的注意。　　在校园中，发生着...