2005年突然入侵的宇宙海贼团“迪斯卡尔”在地球收齐了12个宇宙胶囊，并利用其力量完成了对地球的征服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，统治地球的宇宙海贼的后代“新迪斯卡尔”以地球为基地对多个文明星球发动侵略战争，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年，为的是阻止当年的宇宙海贼改变历史。而察觉到反抗军动向的“新迪斯卡尔”也派出军队穿越虫洞回到2005年，关系到现在和...

从未出现过的敌人开始出现在风都，而鸣海亚树子不知为何带走了照井龙的Accel驱动器以及Accel记忆体。在左翔太郎和菲利普的帮助下，照井龙开始探寻自己的过去，而在此期间他们与早已死去的鸣海庄吉产生了交集；另一边，鸿上基金会找到日本战国时期名将织田信长的坟墓，他们开始利用这难得的机会去实现他们图谋已久的目标，而无欲无求的青年、假面骑士OOO的变身者火野映司和他们的同伴们也开始注意到自己周围发生的异变...